Sui resti del Tempio augusteo, riaffiorati in modo inatteso dopo il tragico incendio che nel 1967 ha sconvolto la chiesa cattedrale tardo-barocca che gli si era sovrapposta, era stato intrapreso un coraggioso (e molto contestato) intervento di parziale anastilosi ad opera di uno dei più noti museografi italiani (Ezio de Felice) purtroppo interrotto alla fine degli anni '70.
Il terremoto aveva poi portato all'abbandono coatto del Rione Terra da parte della popolazione, lasciando il cantiere in confusione ed in balia degli inevitabili saccheggi, con un'incredibile accumulazione di reperti romani e barocchi.
La Regione Campania nel luglio 2003 ha bandito un Concorso internazionale di progettazione per il Restauro del Tempio Duomo che ha visto la partecipazione di oltre ottanta concorrenti e si è svolto in due fasi: nella prima sono stati selezionati dieci gruppi, nella seconda è stato dichiarato il progetto vincitore. Quest'ultimo tornando a confermare al Tempio la sua storica funzione seconda di Cattedrale mette insieme l'intera eredità materiale compresente sul sito. Nella cella e nell'atrio del Tempio Augusteo è allestita la navata unica della nuova Cattedrale e vengono confermati gli spazi liturgici tardobarocchi del Presbiterio (altare, sedia vescovile, ambone, coro), della Cappella del Santissimo (battistero), del Capitolo e della Sacristia.
L'antico pronao diviene l'atrio all'aperto d'ingresso alla navata unica della nuova Cattedrale, mentre gli intercolunni laterali del Tempio sono stati richiusi con alte pareti in cristallo strutturale.