La cripta soggiacente la Cattedrale rappresenta concettualmente la vittoria della coabitazione sia dei riti liturgici che dei segni architettonici sul territorio pugliese dell'anno Mille. La cripta rappresenta ad oggi l'intreccio più evidente tra oriente ed occidente, ed esalta il connubio dei popoli del Mediterraneo. Intenti alla sua costruzione infatti troviamo scalpellini pugliesi, pugliesi-lombardi e orientali.
Il progetto di restauro conservativo ha interessato l'interno della cripta nel suo complesso, dalle colonne ai capitelli, alla realizzazione di una nuova pavimentazione in pietra di Trani soprastante vespaio areato, al recupero degli infissi esistenti e dei portoni d'ingresso, al sistema di illuminazione di micro led.
La presenza di umidità ascendente interessava tutto il massetto e il vecchio pavimento in pietra di Trani e le pareti perimetrali fino all’imposta delle campate.
Oltre ai suddetti fenomeni di fessurazione, efflorescenza, macchie di umidità e depositi superficiali il degrado era costituito anche da piccole mancanze presenti in varie parti di colonne, capitelli, pulvini, oltre a un diffuso fenomeno di pitting su capitelli e pulvini. L’intervento di ripristino della continuità strutturale del materiale lapideo è consistito nella riadesione e fissaggio di elementi scagliati e fratturati. L’intervento si è concluso con la protezione finale e presentazione estetica eseguita applicando più mani di cera microcristallina in diluente white spirit e successiva lucidatura a tampone. Durante le lavorazioni per il vespaio areato sono emerse le base di appoggio dei fusti delle colonne costituite da fregi scolpiti con decorazioni fitoformi. Le nuove scoperte sono state portate a vista tramite un telaio in acciaio corten e vetri stratificati temperato(10+10+10), in modo da poter ammirare l'incredibile rinvenimento. Questo intervento ha permesso di rivedere il formato della nuova pavimentazione riprendendo la composizione della pavimentazione del 1835 dove si evidenzia un pavimento uniforme con semplici tagli tra una lastra e altra di dimensioni cm 83X83. In tal modo vengono evidenziate ed esaltate le colonne e i capitelli e il sistema architettonico della cripta; mentre le lastre di chiusura delle proiezione delle cupole vengono portate a cm 215 x 83. Altri interventi hanno interessato il recupero e la sostituzione degli infissi ammalorati, l' adeguamento alla normativa disabili mediante l' introduzione di una rampa in acciaio e un nuovo impianto di illuminazione artistica, studiato seguendo le nuove concezioni illuminotecniche legate ai luoghi di culto. Per dare una lettura spaziale alla cripta, ma anche per essere elemento di lettura durante le funzioni liturgiche sono state concepite tre fasi di illuminazione, quello liturgico di base, quello della liturgia solenne, quello della illuminazione di base con illuminazione degli affreschi, quello strettamente artistico con una illuminazione graduale delle emergenze architettoniche.
